Für die neuen appenzellischen Vögte entstanden unerfreuliche, langwierige und komplizierte Rechtshändel mit dem energischen Pfleger und späteren Abt des Klosters St. Gallen. Dieser beabsichtigte deshalb, das Kloster aus der Stadt St. Gallen nach Rorschach zu verlegen und erbaute dort das Kloster Mariaberg. Dieses wurde, auf Anstiftung und mit der Unterstützung der Stadt St. Gallen, durch die Appenzeller zerstört. Der geschädigte Abt rief die mit ihm vebündeten Eidgenossen zu Hilfe. Die Eidgenossen besetzten das Rheintal, welches die Appenzeller 1490 gezwungenermassen räumen mussten. Das Rheintal wird eine "Gemeine Herrschaft der Eidgenossen" und bleibt bis 1796 Untertanenland.